Struktur organisasi Bawaslu Kota Bontang terdiri atas unsur pimpinan/anggota Bawaslu Kota Bontang dan Sekretariat sebagai unsur pendukung kelembagaan. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, Bawaslu Kota Bontang didukung oleh Divisi SDMO, HPPH, serta PPPS yang memiliki tugas dan fungsi masing-masing dalam mendukung pelaksanaan pengawasan Pemilu, pencegahan, penanganan pelanggaran, penyelesaian sengketa, pengelolaan SDM, serta pelayanan informasi dan hubungan masyarakat